W modlitwie pamiętano w sposób szczególny o śp. abp. Stanisławie Szymeckim, który tę parafię erygował oraz o zmarłym wczoraj abp. Edwardzie Ozorowskim, który tę świątynię konsekrował.
Metropolita białostocki w homilii zauważył, że osoba i działalność Jezusa – jak zostało wielokrotnie zapisane na kartach Ewangelii – były często powodem zachwytu, podziwu i zdumienia. „Dziś, kiedy wspólnota parafialna pw. Matki Bożej Fatimskiej obchodzi jubileusz 25-lecia, te trzy słowa muszą koniecznie wybrzmieć” – zaznaczał.
Wskazywał, że jako jedna z najpiękniejszych Białegostoku swoim wyglądem zewnętrznym, jak i urządzeniem wnętrza świątyni budzi zachwyt; podziw i zdumienie budzi także błyskawiczne tempo budowy kościoła i zaplecza duszpasterskiego. „Jednak na tym nie można się zatrzymać. Jezus w odczytanym dziś fragmencie Ewangelii św. Łukasza powiedział, że błogosławieni czyli szczęśliwi i godni podziwu są raczej «ci, którzy słuchają słowa Bożego i go przestrzegają»” – stwierdził.
Hierarcha wyjaśniał, że „powodem uznania i wdzięczności, zachwytu, podziwu i zdumienia jest nie tylko świątynia zbudowana z kamieni, ale nade wszystko ta zbudowana z żywych, ludzkich serc. Gorliwa posługa księży głoszących słowo Boże i sprawujących sakramenty przyczyniła się do tego, że wspólnota uczniów Chrystusa stale rośnie i umacnia się. Świadomość wiernych, że lokalny Kościół stanowią nie tylko księża, ale wszyscy ochrzczeni mieszkający na terenie parafii, sprawiła, że wielu dorosłych, a także młodzież i dzieci, zaangażowało się w różne wspólnoty parafialne. (…) Wspólnota parafialna pw. Matki Bożej Fatimskiej tętni życiem modlitwy i pomocy niesionej potrzebującym, zwłaszcza w domach rodzinnych i w sąsiedztwie”.
Dziękując poprzedniemu proboszczowi, ks. kan. Janowi Greckiemu i obecnemu, ks. dr Adamowi Miastkowskiemu za trud budowy i wykończenia świątyni, abp Guzdek zachęcał wiernych, by nadal w swoich środowiskach byli apostołami modlitwy, pokoju i miłości, zgodnie z przesłaniem Matki Bożej w Fatimie.
„Matka Boża Fatimska przypomniała nam, że świat potrzebuje nawrócenia. Ale nawrócenie nie zaczyna się gdzieś daleko. Ono zaczyna się najpierw w nas samych. Dlatego każdy z nas ma obowiązek zacząć od siebie – od swojej osobistej relacji z Bogiem, od doskonalenia swojego życia duchowego. Przykład Maryi – Jej pełne zaufanie Bogu, pokora i wierność to drogowskazy, które nam daje. Powinniśmy każdego dnia starać się naśladować Jej życie” – mówił.
Dalej podkreślał: „Nie możemy zapominać, że Matka Boża przestrzegała przed konsekwencjami grzechu i obojętności wobec Boga. Ta parafia ma być nie tylko miejscem modlitwy, ale także miejscem nawrócenia. Dlatego każdy z nas powinien przyjrzeć się swojemu życiu i zadać sobie pytanie: Czy odpowiadam na wezwanie Maryi? Czy staram się żyć w duchu Jej przesłania?”.
Przypominając, że przesłanie Matki Bożej z Fatimy jest wciąż aktualne i wciąż wzywa wszystkich do modlitwy, nawrócenia i apostolstwa, apelował: „Zawierzmy dziś nasze życie Maryi na wzór dzieci z Fatimy, i prośmy Ją, aby prowadziła nas do swojego Syna. A my, wpatrzeni i wsłuchani w przesłanie Matki Bożej Fatimskiej, starajmy się być ludźmi pokoju, modlitwy i miłości”.
Po Mszy św., którą koncelebrował bp Henryk Ciereszko oraz kilkudziesięciu kapłanów, miały miejsce wystawienie Najświętszego Sakramentu, modlitwa Litanią Lotetańską oraz procesja eucharystyczna, którą zakończyło uroczyste odśpiewanie hymnu Te Deum.
Śpiewom podczas liturgii przewodniczył chór kameralny Uniwersytetu w Białymstoku pod dyrekcją prof. Edwarda Kulikowskiego.
Przed Mszą św. abp Józef Guzdek poświecił Oratorium Dzieci Fatimskich, znajdujące się pod kościołem. Została w nim tam przygotowana nowa specjalna multimedialna sala do spotkań, wraz ze sceną i profesjonalnym nagłośnieniem do występów i koncertów. Zainauguruje ją wieczorny koncert akustyczny scholi Adonai.
Uroczystości poprzedziła renowacja misji św., którą poprowadził pallotyn z Kielc, ks. Mariusz Zakrzewski.
Obchodom jubileuszu 25-lecia parafii towarzyszyło wydanie okolicznościowej publikacji książkowej przygotowanej przez Annę i Roberta Jóźwiak.
„Przeżywany dziś jubileusz jest okazją, by podziękować Bogu za kapłanów i świeckich, którzy przed laty podjęli o nią starania. Wdzięczność dla tych, którzy tworzyli tę wspólnotę zobowiązuje nas do troski o jej dalszy rozwój, by królestwo Boże pod opieką Matki, którą czcimy tu jako Panią Fatimską, trwało i rozwijało się dla przyszłych pokoleń. Szczególne słowa wdzięczności należą się dziś mojemu poprzednikowi, ks. Janowi Greckiemu za odwagę i entuzjazm przy jej tworzeniu; za trud podjętych prac budowlanych, zarówno kościoła, jak i budynku parafialnego; za troskę życie religijne wiernych tej parafii – świadków wiary, którzy przynieśli w to miejsce bliskość Boga i nadal o Nim świadczą” – podkreślał ks. Miastkowski.
Pomysłodawcą utworzenia parafii był ówczesny proboszcz parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny (katedralnej), ks. Antoni Lićwinko, który podjął uwieńczone powodzeniem zabiegi o pozyskanie placu pod przyszły kościół. Tytuł kościoła i parafii był następstwem peregrynacji figury Matki Bożej Fatimskiej w archidiecezji białostockiej w dniach 16-23 marca 1996 r.
Plac pod budowę kościoła poświęcił 13 września 1999 r. i pierwszą Mszę św. odprawił abp Stanisław Szymecki, który w dwa tygodnie później, 28 września 1999 r., erygował parafię, której terytorium wydzielono z parafii katedralnej. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. kan. Jan Grecki. Natychmiast rozpoczął on budowę kościoła według projektu inż. arch. Andrzeja Nowakowskiego. Prace postępowały w błyskawicznym tempie, tak że już 25 grudnia 1999 r. w kaplicy urządzonej w dolnej części kościoła odprawiono pierwszą Mszę św. Kamień węgielny górnego kościoła poświęcił abp Wojciech Ziemba 13 maja 2002 r. Prace budowlane trwały do 2011 r., jednocześnie rozpoczęto budowę plebanii, którą 13 października 2003 r. również poświęcił abp Ziemba. Dnia 22 października 2011 r. świątynię konsekrował abp Edward Ozorowski. W tym samym roku zamontowano 17-głosowe organy, które zostały uruchomione i poświęcone 20 grudnia. Zainstalowano też ogrzewanie.
Bryła kościoła nawiązuje do form romańskich. Wnętrze w nurcie ekspresyjno-dekoracyjnym poprzez kryształowe sklepienie odwołuje się do gotyku i modernizmu kościoła św. Rocha w Białymstoku. Ołtarz z białego marmuru kararyjskiego, stacje Drogi Krzyżowej i szereg innych elementów wystroju świątyni wykonano według projektu Tomasza Czajkowskiego i Michała Jackowskiego.