Stare kroniki podają, że starosta knyszyński hetman Jan Zamojski zamówił do kaplicy w swej rezydencji w Knyszynie kopię obrazu Matki Bożej Śnieżnej z Bazyliki Santa Maria Maggiore w Rzymie, aby oddziaływała na jego żonę kalwinkę. Skąpe źródła historyczne nie pozwalają jednak na dokładne określenie czasu pojawienia się obrazu w Krypnie. O tym, że jest on dawny, świadczą opisy doznanych łask, najczęściej uzdrowień oraz dawne wota pochodzące już z końca XVI w. Żywy kult Matki Bożej doprowadził do uroczystej koronacji obrazu koronami papieskimi w 1985 r. Od tego momentu krypniańskie Sanktuarium stało się szczególnym miejscem pielgrzymowania rodzin z Archidiecezji Białostockiej, a także grup młodzieży oraz mężczyzn.
Od 1997 r. przy Sanktuarium istnieje Kolegiacka Kapituła Krypniańska. Jej celem jest szerzenie i pogłębianie kultu Matki Bożej krypniańskiej, otaczanie opieką chrześcijańskich, opartych na rodzinie, tradycji Ziemi Białostockiej oraz troska o życie kulturalne regionu. W skład kapituły wchodzi 12 kanoników gremialnych oraz honorowych.