Sanktuarium Miłosierdzia Bożego stanowi zwieńczenie pragnień i dążeń bł. ks. Michała Sopoćki, których za życia nie mógł zrealizować. Dzieła tego podjęli się jego wychowankowie: oddany sprawie abp Edward Kisiel, budowniczy kościoła ks. Zbigniew Krupski oraz wierni. Świątynia powstawała w latach 1984-1986. W 1988 r. w dolnym kościele złożono szczątki Sługi Bożego ks. Michała Sopoćki. W związku z beatyfikacją ks. Michała, 28 września 2008 r., relikwie Błogosławionego przeniesiono do specjalnie przygotowanej w Sanktuarium kaplicy. W roku 1993 do świątyni wprowadzono relikwie św. s. Faustyny, a trzy lata później z białostockiego lotniska na Krywlanach przeniesiono ołtarz papieski z rzeźbą „Drzewo Jessego”, przy którym papież Jan Paweł II podczas wizyty w Białymstoku w 1991 r. sprawował Mszę św. Do Sanktuarium corocznie przybywają tysiące pielgrzymów z kraju i z za granicy.