Jedno z żądań przekazanych siostrze Faustynie w objawieniach dotyczyło założenia zgromadzenia zakonnego, którego celem byłoby upraszanie Miłosierdzia Bożego dla świata oraz szerzenie czci tegoż Miłosierdzia. Siostra Faustyna odpowiadając na Boże natchnienia przygotowała ideowe podstawy dla nowego zgromadzenia, ale jednocześnie pogodziła się z faktem, iż jej samej nie będzie dane zgromadzenie to założyć. Ufała, że Bóg sam powoła osoby, które podejmą się tego zadania.

Po wybuchu wojny, z momentem pojawienia się nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego i ujawnieniem objawień siostry, obudziło się wśród wiernych ogólne zainteresowanie ideą Miłosierdzia Bożego, a u niektórych pragnienie poświęcania się jej szerzeniu. Wyraźniej dało się to zauważyć u osób bliżej związanych z ks. Sopoćką, uczęszczających na konferencje głoszone przez niego w różnych grupach i stowarzyszeniach katolickich. On zaś darząc zaufaniem uczestniczki tych spotkań, a jednocześnie znajdując u nich zrozumienie dla swych idei, bardziej otwarcie dzielił się z nimi swymi przemyśleniami o prawdzie Miłosierdzia Bożego, opowiadał o siostrze Faustynie, jej objawieniach, żądaniach do niej skierowanych czy swym oddaniu się dziełu szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego. Zapraszał też do pomocy w tym dziele.

Od roku 1939 na spotkania u ks. Sopoćki uczęszczała Jadwiga Osińska, absolwentka filologii klasycznej USB w Wilnie. Pewnego razu zwierzyła się księdzu, że zamierza poświęcić się wyłącznej służbie Bogu w zakonie, ale dotąd nie może zdecydować się, w którym. Prosiła więc o modlitwę i poradę w tej sprawie. Dodała ponadto, że podobnie myśli kilka jej koleżanek, uczestniczek spotkań u księdza. W odpowiedzi na ową prośbę, ks. Sopoćko zaproponował im ogólny regulamin, według którego miałyby układać swoje codzienne zajęcia i duchowe praktyki oraz zobowiązał do wysłuchiwania co tydzień konferencji o życiu duchowym. Natomiast Osińskiej, jako inicjatorce sprawy i rzeczniczce koleżanek, zaproponował dodatkowo w 1941 roku, aby spędziła wakacje w domu Zgromadzenia Sióstr od Aniołów w Pryciunach. Tam miała możliwość przyjrzeć się życiu zakonnemu i pod kierunkiem znanej księdzu siostry Heleny Majewskiej zapoznać się z zasadami życia zakonnego oraz wdrożyć w praktykę ćwiczeń duchowych. Pobyt w Pryciunach stał się dla Osińskiej swoistymi rekolekcjami, okazją do przemyśleń co do swej przyszłej drogi życiowej. Po powrocie oświadczyła ks. Sopoćce, że zamierza oddać się służbie Jezusowi, Najmiłosierniejszemu Zbawicielowi i założyć nowe zgromadzenie zakonne, w którym można byłoby realizować tak określone powołanie. Tym samym chciałaby podjąć się wypełnienia żądania, skierowanego w objawieniach do siostry Faustyny. Poprosiła też niebawem o możliwość złożenia ślubów prywatnych. Ksiądz Sopoćko nie mógł, jak sam później zaznaczył, oprzeć się jej prośbie, widząc w tym działanie szczególniejszej łaski Bożej.

Do Osińskiej dołączyła wkrótce Izabela Naborowska, potem następne koleżanki, tak że na początku 1942 roku wyłoniła się sześcioosobowa grupka, zdecydowana podjąć formację do życia zakonnego i dać w przyszłości początek nowemu zgromadzeniu zakonnemu. Ksiądz Sopoćko wobec tak wyrażonej woli swych podopiecznych, podjął się tego zadania. Pomagała mu przy tym siostra H. Majewska ze Zgromadzenia Sióstr od Aniołów. Tymczasem w marcu okupanci niemieccy wszczęli aresztowania kapłanów. Ksiądz Sopoćko uniknął wprawdzie aresztowania, ale musiał opuścić Wilno i ukrywać się aż do końca wojny. Na ten czas bezpośrednią opiekę nad przyszłymi siostrami powierzył ks. L. Żebrowskiemu, który częściowo był już wcześniej wtajemniczony w plany ich dotyczące. Sam zaś, czując się nadal za nie odpowiedzialny, poprzez obszerne listy-konferencje pisane do nich z miejsca ukrywania się w Czarnym Borze wpływał na ich formację ascetyczną oraz nakreślał zarysy ideowego kształtu rodzącego się zgromadzenia.

W dniu 11 kwietnia 1942 roku przyszłe siostry złożyły na ręce ks. Żebrowskiego pierwsze swe śluby prywatne, i w następnych latach je ponowiły. W sierpniu 1944 roku ks. Sopoćko powrócił do Wilna i przejął ponownie bezpośrednią opiekę nad grupką kandydatek. W nowej już sytuacji politycznej, po ustąpieniu Niemców i zajęciu Wilna przez wojska radzieckie, podopieczne księdza znalazły dla siebie pracę i nadal zbierały się u niego na tygodniowe konferencje. W dniu 16 listopada, już w obecności swego duchowego ojca, ponowiły proste śluby wiernej służby Najmiłosierniejszemu Zbawicielowi i Jego Matce Miłosierdzia. Uroczystość, choć odbyła się bardzo skromnych warunkach i w ukryciu, była wielkim przeżyciem dla składających śluby, a jeszcze bardziej dla ks. Sopoćki. Uświadamiał on bowiem, że poprzez śluby łączące pierwszą szóstkę we wspólnej idei służby sprawie szerzenia kultu i ogólnie dziełu Miłosierdzia Bożego, wypełniać się zaczyna wezwanie skierowanego do siostry Faustyny, dotyczącego zaistnienia zgromadzenia zakonnego.

Nie dane było jednak kontynuować to dzieło w Wilnie. Ograniczenia w zakresie życia religijnego, a nawet groźba prześladowań, ze strony władzy radzieckiej, zmusiły siostry do opuszczenia Wilna. Jeszcze przed wyjazdem ks. Sopoćko napisał im Konstytucje Zakonne, które stały się podstawą do organizowania zgromadzenia. Osińska i Naborowska dotarły razem do Wrocławia, a stamtąd do Myśliborza, gdzie podjęły wspólne życie zakonne. Inne znalazły się w różnych częściach kraju, ale pozostawały w kontakcie z domem w Myśliborzu. Ksiądz Sopoćko czując się odpowiedzialnym za tworzone przez swe podopieczne dzieło, już w kilka tygodni po swym przyjeździe do Białegostoku w 1947 roku odwiedził je w Myśliborzu. Od tego czasu, z odległego wprawdzie Białegostoku, utrzymywał stały kontakt z siostrami. Czuwał nad ich duchową formacją, interesował się życiem, wspierał duchowo, a także materialnie, był obecny w ich troskach i radościach. Regularnie je odwiedzał i wygłaszał wtedy do nich konferencje i rekolekcje. Przede wszystkim zaś pomagał w budowaniu ideowych zrębów zgromadzenia, opartych na posłannictwie przekazanym przez siostrę Faustynę. Za główny cel zgromadzenia, który nakreślił już wstępnie w wileńskich Konstytucjach, a później sprecyzował, przyjął krzewienie kultu Miłosierdzia Bożego i naśladowanie miłości Boga wobec nędzy ludzkiej przez pełnienie uczynków miłosierdzia. W jego zamiarach i przekonaniu co do tworzącego się zgromadzenia, miało ono być wypełnieniem trzeciego żądania skierowanego w objawieniach do siostry Faustyny, dotyczącego powstania nowego zgromadzenia. Tak też przyjmowały swą misję Osińska i Naborowska, uznając siostrę Faustynę za swą duchową założycielkę. W 1955 roku nastąpiło kanoniczne erygowanie zgromadzenia na prawie diecezjalnym przez Ordynariusza Gorzowskiego, ks. Z. Szelążka pod nazwą Zgromadzenie Sióstr Jezusa Chrystusa Miłosiernego Odkupiciela, którą później zmieniono i dziś nosi ono określenie: Zgromadzenie Sióstr Jezusa Miłosiernego. Obok tegoż zgromadzenia powstał także, w oparciu o pozostałe kandydatki z wileńskiej szóstki, świecki Instytut Miłosierdzia Bożego, który tym samym z racji na swe początki również należy uznać za dzieło rozpoczęte przez ks. Sopoćkę.

Ukazane tu zaangażowanie ks. Sopoćki w dzieło tworzenia zgromadzenia zakonnego w duchu żądania skierowanego do siostry Faustyny w jej objawieniach, wyraźnie wskazuje na szczególną jego rolę w powstaniu tegoż zgromadzenia. I w tym wypadku okazał się on wiernym współrealizatorem i dalej kontynuatorem misji zleconej siostrze Faustynie. Jego zawierzenie Bogu, otwartość na kierowane do niego natchnienia oraz właściwe rozeznanie wartości i potrzeby zaistnienia zgromadzenia zakonnego, oddanego szerzeniu kultu Miłosierdzia Bożego oraz współtworzenie tegoż zgromadzenia, należy poczytać za niewątpliwą osobistą zasługę i kolejne potwierdzenie przysługującego mu miana Apostoła Miłosierdzia Bożego.