Dramat wojny wywiera zwykle swe piętno na postawach ludzkich. Jest próbą wierności wartościom ogólnoludzkim i religijnym. Jedni wychodzą z tej próby zwycięsko, inni jej nie wytrzymują. Wielką pomocą w trudnych doświadczeniach wojny jest wiara i ugruntowana w jej cnotach, życiowa postawa.

Ksiądz Sopoćko w dramatyczne losy wojenne wchodził już jako dojrzały kapłan. Był znaną i szanowaną postacią wśród wiernych miasta Wilna, jako profesor Wydziału Teologicznego USB i Seminarium Duchownego, gorliwy i świątobliwy duszpasterz z kościoła św. Michała, jako ceniony spowiednik i duchowy opiekun zakonnic. Pewna część wiernych wiedziała też już o jego zaangażowaniu w szerzenie kultu Miłosierdzia Bożego. Te jego osobiste walory duchowe, poddane próbie okupacyjnych doświadczeń i zagrożeń, jeszcze bardziej w owych trudnych czasach się rozwinęły i ugruntowały. Na duchowy rys jego osobowości znamienny wpływ wywarło też nabożeństwo do Miłosierdzia Bożego, które sam przyjął i stał się jego oddanym szerzycielem.

Wojna i okupacja przyniosła długi okres prześladowań narodu i Kościoła przez okupantów. Ksiądz Sopoćko również doświadczył ciężarów okupacji, nie uchronił się przed represjami najeźdźców. Pomimo okupacyjnych ograniczeń pełnił wyznaczane mu funkcje duszpasterskie, wykładał w Seminarium Duchownym, a z własnej już inicjatywy wspomagał krzywdzonych, wspierał ich na duchu, budził nadzieję, szerząc nabożeństwo do Miłosierdzia Bożego.

Po wybuchu wojny i zajęciu Wilna przez Armię Radziecką, która przekazała je niebawem Litwinom, życie kościelne przebiegało na początku bez większych ograniczeń. Ksiądz Sopoćko przez krótki okres był rektorem kościoła św. Ignacego oraz kontynuował wykłady w Seminarium i na Uniwersytecie. Udzielał się też na polu religijno-społecznym prowadząc spotkania Koła Inteligencji Katolickiej i Sodalicji Mariańskiej. Dramat narodów dotkniętych kataklizmem wojny, nasilenie się zła i nieszczęść ogarniających ludność wzmocniły w nim jeszcze bardziej przekonanie o potrzebie Bożego zmiłowania nad światem. Dlatego zaczął otwarcie głosić prawdę o Miłosierdziu Bożym, ukazując w nim jedyny ratunek dla świata. O Miłosierdziu Bożym pouczał w kazaniach i konferencjach, rozprowadzał modlitwy oraz obrazki Jezusa Najmiłosierniejszego Zbawiciela. Wskutek tego coraz bardziej zaczął być czczony obraz w kościele św. Michała, przy którym modlono się i składano liczne wota w podziękowaniu za łaski Miłosierdzia Bożego. Z wielkim echem po całym Wilnie rozeszły się jego kazania pasyjne nawiązujące do prawdy Miłosierdzia Bożego, wygłoszone w katedrze w 1940 roku, na które ściągały tłumy wiernych.

Od czerwca 1940 roku Wilno znalazło się ponownie pod okupacją radziecką. Pojawiły się ograniczenia dla działalności kościelnej i religijnej. Ksiądz Sopoćko nie zważając na nie nadal rozgłaszał prawdę o Miłosierdziu Bożym, szerzył jego kult. Opracował i wydrukował na powielaczu traktat o Miłosierdziu Bożym, a następnie rozesłał go, wykorzystując migracje ludności, nawet poza granice Polski i Litwy. Zagrożony aresztowaniem przez władze radzieckie musiał na miesiąc opuścić Wilno, ale i wtedy przebywając na Litwie poświęcał się nauczaniu o Miłosierdziu Bożym.

W 1941 roku Wilno zajęli Niemcy. Od początku zaczęli planowo wyniszczać naród oraz prześladować Kościół. Szczególnej dyskryminacji poddali Żydów. Ksiądz Sopoćko włączył się w akcję pomocy dla nich. Wspierał materialnie i duchowo. Z pomocą świeckich zorganizował im katechumenat, po którym kilkadziesiąt osób przyjęło chrzest. Działalność ta wzbudziła podejrzenie Niemców i pojawiło się poważne zagrożenie aresztowania.

W lecie 1941 roku ks. Sopoćko współuczestniczył w tworzeniu się zaczątków Zgromadzenia Sióstr, które za cel swój przyjęło szerzenie idei Miłosierdzia Bożego. Kandydatki do zgromadzenia wyłoniły się z grona uczestniczek spotkań religijno-formacyjnych prowadzonych przez niego w czasie okupacji.

Na przełomie 1941/42 roku Niemcy podjęli szeroką akcję przeciw Kościołowi i Duchowieństwu. W dniu 3 marca 1942 roku aresztowali profesorów i alumnów Seminarium Duchownego. Księdzu Sopoćce cudownie niemalże udało się ujść aresztowania. Nie był w tym czasie w Seminarium. Gestapo nie zastało go także w domu. Ostrzeżony przemknął się z kościoła bernardyńskiego do klasztoru Sióstr Urszulanek, skąd w przebraniu przewieziony został do Czarnego Boru, położonego niedaleko od Wilna. Tam opodal domu sióstr urszulanek ukrywał się aż do opuszczenia Wilna przez Niemców w 1944 roku. Odosobnienie, kontakt z naturą, godziny spędzane na modlitwie i refleksji, stworzyły dogodną możliwość do wzmocnienia życia duchowego. Był też czas na pracę naukową. Tam zrodziły się wstępne opracowania późniejszych jego publikacji o Miłosierdziu Bożym.

W sierpniu 1944 roku, po wkroczeniu Armii Radzieckiej do Wilna, ks. Sopoćko opuścił miejsce ukrywania się. Od września podjął ponownie wykłady w Seminarium Duchownym. Przejął też opiekę nad kandydatkami do Zgromadzenia, które pod jego nieobecność prowadzone były przez ks. L. Żebrowskiego. W dniu 16 listopada ponowiły one uroczyście złożone wcześniej śluby prywatne. Władze radzieckie zaczęły stopniowo, ale konsekwentnie ograniczać działalność Kościoła. Ksiądz Sopoćko przewidując zagrożenia dla życia religijnego, zakaz nauczania wiary przez duchownych, oddał się przygotowywaniu świeckich katechetów. Zorganizował dla nich kurs katechetyczny. Gromadził też na katechizację młodzież. Zajął się ponadto duszpasterstwem wśród katolików posługujących się językiem rosyjskim, a także ewangelizował wśród Rosjan. Głosił nadal prawdę Miłosierdzia Bożego i w tymże Miłosierdziu widział wielkie oparcie w swej posłudze kapłańskiej, zwłaszcza ewangelizacyjnej. Wiosną 1945 roku władze radzieckie zamknęły Seminarium i nakazały księżom profesorom oraz alumnom wyjechać do Białegostoku. W lecie ten sam los spotkał Arcybiskupa Jałbrzykowskiego. Ksiądz Sopoćko uzyskał pozwolenie pozostania w Wilnie. Tam jeszcze przez dwa lata gorliwie duszpasterzował, prowadząc nadal dokształcanie katechetów mimo zakazów władz. W sierpniu 1947 roku zagrożony aresztowaniem i zsyłką musiał opuścić Wilno i udać się do Białegostoku.

Okres wojennych doświadczeń i lata powojenne w Wilnie były dla ks. Sopoćki szczególną próbą wiary i oddania się Bogu przez powołanie kapłańskie. Można uznać, że z tej próby wyszedł zwycięsko. Stał się bardziej zahartowany w wierze, w ufności w Bogu, uwrażliwiony bardziej jeszcze na potrzeby drugiego człowieka. Rozbudził też pełniej w sobie apostolski zapał, zwłaszcza w sprawie kultu Miłosierdzia Bożego. Oddawał się przeto z wielką gorliwością i poświęceniem rozgłaszaniu tej tajemnicy, widząc w Miłosierdziu Bożym jedyny ratunek dla świata. Apostolstwo Miłosierdzia i wiara w tę prawdę w Bogu, przeniknęły i w nowy sposób zainspirowały jego osobiste życie duchowe. Cechowała je wielka ufność Miłosierdziu Bożemu, uznanie potrzeby zmiłowania Boga nad sobą i światem oraz czynna postawa miłosierdzia wobec drugiego człowieka. Osoby stykające się z nim w tym czasie odkrywały w nim wielką wiarę w tę prawdę w Bogu i oddanie bez reszty sprawie jej rozgłaszania ludziom.

Ufność w Miłosierdzie Boże pomogła ks. Sopoćce przetrwać uciążliwości i zagrożenia okupacyjne. Swoje uratowanie się przed aresztowaniem odczytał on jako wyraźny znak Miłosierdzia Bożego. Taż sama ufność dodawała mu odwagi do pełnienia posługi kapłańskiej, a zwłaszcza pełnej poświęcenia pomocy ludności żydowskiej, mimo grożących z tego powodu represji. Jego pouczenia, zachęty do zaufania Miłosierdziu Bożemu i osobisty przykład oraz modlitwa pozwoliły także innym przetrwać wojenną zawieruchę. Wszelkie zaangażowania ks. Sopoćki wobec innych ludzi, pomoc duchowa i materialna, zatroskanie o nich, współczucie w ich niedoli poświadczają o jego czynnej postawie miłosierdzia. Nauczał o miłosierdziu, ale i czynem je potwierdzał.

Dużo światła na duchową charakterystykę ks. Sopoćki z okresu wojennego, mimo subiektywnego niewątpliwie odbioru, wnoszą wspomnienia o nim Zofii Komorowskiej, należącej do grona pierwszych entuzjastek idei Miłosierdzia Bożego. Zafascynował on ją mocną wiarą i oddaniem sprawie głoszenia kultu Miłosierdzia Bożego. Tak o nim pisała: Od pierwszych spotkań w 1940 roku, stwarzał on w jej oczach wrażenie człowieka skupionego, pokornego, rozmodlonego, ale jakby zupełnie izolowanego od innych osób, dalekiego od otaczającego go świata, mającego trudności w nawiązywaniu bezpośrednich kontaktów z ludźmi. Komorowska przekazała: Był otaczany wielka czcią, miłością i autorytet jego był ogromny, trudno go było jednak lubić, bo był tak osobiście zamknięty, choć na potrzeby innych otwarty i bardzo serdeczny. Wzruszające było to jego oddanie się idei Miłosierdzia Bożego, człowiek ten tą ideą żył! Widać było, że jego miłość Boga była bardzo głęboka, jak i jego pobożność, ale ta pobożność też była jakby jego prywatną sprawą, za barierą oddzielającą go od wszystkich ludzi. Może inni czuli to inaczej, ale moje wrażenie było, że to jest człowiek szalenie samotny, zamknięty bardzo mocno w swoim wnętrzu, a otwarty w stosunku do innych ogromnie, na ich potrzeby, troski, problemy i cierpienia. Charakterystycznym dla niego było, że ten człowiek, który nie miał specjalnego daru słowa, miał też małą wadę wymowy, trochę seplenił, gdy mówił o tym, co było treścią jego życia, to znaczy o tej ukochanej cesze Bożej przebaczania, miłowania każdego, nawet grzesznego, mówił wspaniale! Miałam też wrażenie kogoś, kto dużo cierpi i przekonałam się później, że tak było. W stosunku do innych jego cechą było, że nigdy nikogo indywidualnie nie potępiał, miał taki specjalny, własny sposób podchodzenia do ludzi, robił wrażenie, że chciałby każdemu pomóc, dźwignąć z tego co mogło być bólem, czy grzechem.