Parafia NMP Matki Kościoła została erygowana w Roku Maryjnym 10 maja 1988 r.

Teren parafii od wschodu wytyczają ul. Zwierzyniecka i 11 Listopada. Południową granicę wyznaczają ul. Wiosenna, Kawaleryjska i Puławskiego. Zachodnią zaś Żeromskiego i tory kolejowe. Od północy zamyka ją ul. Kopernika.

Proboszczem nowej parafii został mianowany ks. Stanisław Rabiczko, dotychczasowy proboszcz parafii Św. Trójcy w Sidrze, w roku 25-lecia swojej pracy kapłańskiej. Pierwszym wikariuszem został ks. Wojciech Wysocki, przeniesiony z parafii Św. Jana Chrzciciela w Choroszczy. Jedynym obiektem znajdującym się w nowo powstałej parafii był dom katechetyczny, zbudowany przez Kurię Biskupią. W nim zamieszkali duszpasterze, 3 lipca 1988r. na schodach tego domu została odprawiona Msza św., w czasie której ks. Stanisław Rabiczko objął kanonicznie urząd proboszcza. W tym miejscu w każdą niedzielę i święta sprawowano Eucharystię - aż do jesieni. Wierni dość licznie brali w niej udział. Byli pełni nadziei na ożywienie życia religijnego i otrzymania w szybkim czasie od władz miejskich pozwolenia na budowę tymczasowej kaplicy. Parafianie otaczali wielką życzliwością swoich kapłanów oraz wspierali ich modlitwą. Deklarowali pomoc w każdej sprawie.

Organizowanie nowej placówki duszpasterskiej w tamtym czasie było wielką udręką. Władze PRL utrudniały wszelką działalność Kościoła. Starały się one zniechęcić duszpasterzy i tej parafii. Należało mięć silna wiarę, wielką ufność w opatrzność Bożą i anielską cierpliwość. Od początku lipca rozpoczęto starania u władz miejskich o zezwolenie na budowę tymczasowej kaplicy i świątyni parafialnej. Dyrektor Urzędu ds. Wyznań oświadczył, że nigdy nie udzieli zezwolenia na wybudowanie takiej kaplicy. Parafianie domagali się jednak wyjaśnień. Te sprawy polecano w każdej Mszy św.

Ks. Biskup E. Kisiel, ówczesny Administrator Apostolski Archidiecezji w Białymstoku, na początku września wydał odezwę, która dotyczyła tej kwestii i polecił odczytać ją we wszystkich parafiach Białegostoku. Mimo obietnic (po odczytaniu tej odezwy) parafia otrzymała zezwolenie dopiero w końcu listopada.

Pierwsza Msza św. w nowo wybudowanej kaplicy została odprawiona na początku Wielkiego Postu 1989 r. parafianie okazali się nadzwyczaj ofiarni i odważni. Modlili się, podtrzymując na duchu kapłanów i tłumnie gromadząc się na Mszy św. Rozwijała się pomyślnie współpraca i tworzyła ożywiona wspólnota. Nauka religii w roku szkolnym 1988/89 dla Szkoły Podstawowej nr 34 i Zespołu Szkół Handlowo- Ekonomicznych odbywała się w domu katechetycznym. Przy wsparciu materialnym Kurii, parafian N.M.P. Matki Kościoła i Waldminchen w Bawarii (za sprawą ks. Wojciecha Wysockiego) ksiądz proboszcz w ciągu roku wykupił działki pod budowę kościoła i gromadził materiały budowlane. Wiosną 1990 r. Urząd Miejski udzielił pozwolenia na budowę świątyni. 3 maja 1990 r. w uroczystość NMP Królowej Polski poświęcił plac pod budowę i odprawił na nim Mszę św. Dzieło to zawierzył Trójcy Świętej i szczególnej opiece NMP Matki Kościoła. Nazajutrz rozpoczęły się prace ziemne, wykonywane rękoma parafian. Posuwały się one bardzo szybko, ponieważ wierni byli mocno zaangażowani. Poprzez modlitwę "Pod Twoją Obronę" w niedziele i święta parafianie uciekali się do Matki Bożej, prosząc o opiekę. Gdy wzrastały mury świątyni, obok rozwijało się osiedle mieszkaniowe przy ul. Wiejskiej. W czerwcu 1994 r. Mszę św. zaczęto odprawiać w podziemiach kościoła. Pasterka 1997 r. zapoczątkowała na stałe sprawowanie Eucharystii w nowej świątyni. Wzniosły śpiew "Chwała na wysokości Bogu..." był świadectwem radości całej wspólnoty. Budowa trwała 8 lat. Architektem Domu Bożego jest mgr inż. Andrzej Chwalibóg, zaś inżynierem konstruktorem nadzorującym budowę mgr inż. Jan Krzysztof Grochowski. A oto co pisze architekt o swoim dziele:

"Projektowanie świątyni rozpoczęto jeszcze w trudnych czasach. Wtedy Kościół nie mógł liczyć na normalne decyzje władz, a powstające osiedla nie posiadały świątyń. Nie było też żadnego obiektu, którego obecność pozwoliłaby porządkować chaos otoczenia i dać ludziom poczucie tożsamości. Dlatego od początku, temu przedsięwzięciu tak bardzo potrzebnemu, towarzyszył entuzjazm, ale i oczekiwanie. Oczekiwanie na świątynię, która swoim sakralnym wyrazem miała zaznaczyć obecność Pana Boga w tej zdewastowanej przestrzeni, i która w swojej monumentalnej formie przywróci ludziom nadzieję, że można dzięki poświęceniu dokonać dzieła wbrew licznym utrudnieniom.

Dać wyraz wiary i mocy z niej płynącej. Tak zrozumiane zadanie sugerowało poszukiwanie bryły dominującej nad otoczeniem, o wyrazie przywołującym historyczny obraz katedr wokół których, rozwijały się miasta. Ale to skojarzenie historyczne nie powinno ograniczać się do tworzenia naśladownictwa form już istniejących. Potrzeba tożsamości wymagała dzieła oryginalnego i współczesnego, które poprzez swoje rozrzeźbienie, tektonikę, bez cytatów przywoła skojarzenie świątyni romańskiej - chyba najbardziej sakralnej. W wyrazie zewnętrznym głównym akcentem jest fronton, który w miarę zbliżania się do monumentalnych schodów przyjmuje postać jakby - dwuwieżowego westwerku kryjącego centralne wyniesienie dachu z sygnaturką - odpowiednik wieży na skrzyżowaniu nawy głównej z transeptem. Masywność tej części, przywołującej tradycyjne określenie "zamku Bożego", jest rozrzeźbiona i rozbita zespołem wąskich i rozglefionych otworów okiennych mających odpowiednik w rozetach, które ongiś zdobiły i zmiękczały apotroficzną formę zachodniego bloku (tzn. odstraszały złe demony). Główne wejście - "brama niebios" - składa się z trzech otworów drzwiowych zwieńczonych tympanonem i zastępującym oprawę portalową zadaszeniem z zastrzałami. Drzwi i tympanon będą pokryte symbolicznymi rzeźbami.

Widoki boczne i tylny są poddane rygorowi rozrzeźbienia rzutu w postaci czytelnych brył geometrycznych i dominacji ścian zakończonych wysoko i rytmicznie rozmaszczonymi okienkami przypominającymi fryz arkadkowy (bande lombrade). To rozrzeźbienie całej bryły, która pozwala wyeksponować świątynię we wszystkich kierunkach i będzie wydobyte podświetleniem kościoła co jeszcze mocniej wydobędzie jej centralną pozycję wobec całej dzielnicy (konieczne będzie właściwe zagospodarowanie placu przedwejściowego - co wiąże się z odpowiedzialnością Gminy za wygląd miejsc publicznych).

Do wnętrza wchodzi się poprzez szeroką kruchtę i spod chóru ("chori angelum") rozpościera się szeroki widok ku prezbiterium, którego dominującą pozycję podkreślają zbiegające się kierunki naw bocznych i mocne ku ołtarzowi skierowane oświetlenie okienne. Kompozycja prezbiterium podkreśla hierarchię jego elementów: na głównej osi - ołtarz, który z jednej strony u podnóża monumentalnej ściany jest zaakcentowany miejscem przewodniczenia, a z drugiej zaś - niszą, w której na wyniesieniu umiejscowiono tabernakulum. Ołtarz Liturgii Słowa jest nieco wysunięty do przodu, wzdłuż ścian bocznych zlokalizowano stalle, które zamykają przestrzeń absydy. Całość prezbiterium jest powiązana granitową wykładziną ścienną, która swym rysunkiem i rozrzeźbieniem podkreśla spójność formy z całością kościoła i jego elementami wyposażenia - wymienionymi już - ołtarzem, ambonką tabernakulum oraz z ławkami, konfesjonałami i stolarką drzwiową. To wszystko powodowało utrudnienia, którym jednak sprostano- realizacja uzyskała w 1998 r. wyróżnienie w konkursie ogólnopolskim".

Teraz trwają końcowe prace związane z wyposażeniem wnętrza i zagospodarowaniem otoczenia. Przyjęte założenie formy organicznej pozwala - dzięki konsekwencji Księdza budowniczego - zachować jednolitość stylu i harmonię - tak bardzo potrzebnych świątyń i tak często zaniedbanych we współczesnych realizacjach.

Szczególny charakter parafii nadają znajdujące się w niej obiekty takie jak: Areszt Śledczy, Straż Graniczna, Dom Pomocy Społecznej, Dom Małego Dziecka oraz szkoły podstawowe i średnie. Dlatego też praca duszpasterzy jest urozmaicona. Żywa wiara parafian wyraża się poprzez uczestnictwo w różnych grupach modlitewnych: Ruch Światło-Życie, Arcybractwo Straży Honorowej Najświętszego Serca Pana Jezusa, Ruch Rodzin Nazaretańskich, patronka Dobrej Śmierci, Róże Żywego Różańca, ministranci, schola dziecięca i młodzieżowa, Koło Przyjaciół Radia Maryja. Ludzie ubodzy doznają pomocy od parafialnej Caritas. Grupa charytatywna z wielkim poświęceniem służy potrzebującym.

Praca duszpasterska w roku 1999 była skierowana na przygotowanie wiernych do przeżywania Roku Jubileuszowego 2000. Dlatego też zaplanowano przeprowadzenie Misji parafialnych w terminie 4-11 VI 2000. Porządek Misji rodziny otrzymały w czasie Kolędy 2000.

Przez cały rok parafianie modlili się w tej intencji. Nauki misyjne głosili Księża Sercanie.

W uroczystość NMP Matki Kościoła (II Dzień Zielonych Świąt) parafia obchodzi doroczny odpust i czci swoją Patronkę.

Przeto na chwałę Matki Bożej i ku naszemu pokrzepieniu ogłaszamy NMP Matką Kościoła, tj. Matką całego ludu Bożego, zarówno wiernych jak i pasterzy, którzy nazywają Ją Najukochańsza Matka. Pragniemy, by pod tym najczulszym tytułem od tej chwili, Dziewica-Matka była jeszcze bardziej czczona i wzywana przez lud chrześcijański - Papież Paweł VI.