Po zwolnieniu w 1932 roku z funkcji ojca duchownego ks. Sopoćko zamieszkał przy klasztorze Sióstr Wizytek w Wilnie z zamiarem poświęcenia się pracy naukowej, głównie dotyczącej przygotowania rozprawy habilitacyjnej. Do tejże pracy obligowało go stanowisko wykładowcy w Seminarium i na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu, które piastował od 1927 roku. Początkowo zatrudniony był, jako wykładowca historii filozofii, a od 1928 jako zastępca profesora w Katedrze Teologii Pastoralnej.

Pracę naukową ks. Sopoćko traktował, jak sam zaznaczał, jako jedno z głównych zadań swego życia. Czy myślał on jednak o wyłącznym poświęceniu się sprawom nauki w swym życiu, trudno wywnioskować z pozostawionych przez niego autobiograficznych relacji. Okoliczności zaistniałe w pierwszej fazie jego kapłaństwa sprawiły, że bardziej był zaangażowany w duszpasterstwo. Nauce mógł się poświęcać tylko równocześnie z obowiązkami wyznaczanymi mu przez przełożonych, biskupa polowego oraz ordynariuszy rodzimej diecezji. Na pewno miał zamiłowanie do nauki i dostrzegał jej wagę i znaczenie dla różnych dziedzin życia. Dlatego pogłębiał swą wiedzę teologiczną, a potem zainteresował się pedagogiką, by lepiej pełnić funkcje kapłańskie i duszpasterskie. Nauka miała więc służyć duszpasterstwu. Nie wydaję się też, że nosił w sobie dylemat czy oddać się nauce czy duszpasterstwu? W tym szedł raczej za wolą przełożonych oraz roztropnym rozeznaniem sytuacji. Tak było chociażby z decyzją o zwolnieniu się z posługi ojca duchownego, gdy był daleko posunięty w pracach nad habilitacją. Praktycznie jednak, niezależnie od pełnionych funkcji, począwszy od studiów w Warszawie, na ile pozwalały mu obowiązkowe zajęcia, oddawał się jednocześnie z nimi pracy naukowej. Te prywatne i niejako bardziej osobiste zainteresowania nauką uzyskały pozytywny dodatkowy bodziec z chwilą zatrudnienia go na Wydziale Teologicznym USB.

Za temat pracy habilitacyjnej ks. Sopoćko obrał problematykę wychowania duchowego u Mikołaja Łęczyckiego (1574-1653), polskiego jezuity, teologa i wychowawcy. Skłoniły go ku temu osobiste zainteresowania pedagogiczne, a także praktyczna potrzeba posiadania pogłębionej wiedzy z zakresu pedagogiki w pracy księdza i wychowawcy. Ponadto uważał, że zebranie i ukazanie poglądów Łęczyckiego oraz jego nauki o wychowaniu, mogłoby wnieść nowe pożyteczne inspiracje do współczesnej działalności wychowawczej w ogóle, a zwłaszcza na płaszczyźnie duchowej.

W ciagu dwóch lat zamieszkiwania przy klasztorze Sióstr Wizytek opracował zebrane materiały i napisał rozprawę pt. Cel, podmiot i przedmiot wychowania duchowego według Mikołaja Łęczyckiego, na podstawie której habilitował się w 1934 roku na Uniwersytecie Warszawskim i uzyskał tytuł docenta teologii pastoralnej. Kontynuując dalej badania nad spuścizną naukową Łęczyckiego, opracował całość jego nauczania o wychowaniu duchowym, zawierając to w czteroczęściowym dziele pt. Mikołaj Łęczycki o wychowaniu duchowym, które wydał drukiem w Wilnie w 1935 roku. Dzieło to dało mu wystarczające podstawy do ubiegania się o tytuł profesora i kierownika katedry teologii pastoralnej na Wydziale Teologicznym. Niestety, mimo powszechnej akceptacji najbardziej kompetentnego, bo naukowego środowiska, co do jego kandydatury, nie doszło jednak ostatecznie do promocji na profesora. Najprawdopodobniej zaważyły na tym ze strony Wydziału względy finansowe.

Wraz z pracą naukową stałym obowiązkiem ks. Sopoćki od chwili zaangażowania go na uczelni było prowadzenie zajęć dydaktycznych. Poza wspomnianymi wykładami z historii filozofii, główny profil jego nauczania, idący też po linii jego naukowego przygotowania i zainteresowań, stanowiły zajęcia przy katedrze teologii pastoralnej. W skład nich wchodziły wykłady z homiletyki, katechetyki i pedagogiki oraz proseminaria z tychże przedmiotów. Powyższe zajęcia prowadził nieprzerwanie, aż do zamknięcia Uniwersytetu i Seminarium w czasie II wojny światowej.

W swej dydaktyce ks. Sopoćko kładł duży nacisk na praktyczne przygotowanie alumnów do ich przyszłej pracy duszpasterskiej. Jego nauczanie zmierzało zawsze do syntezy wiedzy i umiejętności praktycznych. Dlatego np. w ramach ćwiczeń homiletycznych pracował nad dykcją, prawidłowym opracowywaniem i wygłaszaniem kazań przez alumnów. Z równą pieczołowitością traktował przygotowywanie i prowadzenie próbnych katechez w szkołach. Wymagał uczęszczania na katechezy prowadzone przez wykwalifikowanych katechetów, by od nich uczyć się właściwego prowadzenia zajęć. Gdy zaś chodzi o przekaz teoretycznej wiedzy, opracował odpowiednie skrypty do wykładanych przez siebie przedmiotów, aby ułatwić jej przyswajanie. Zabierało to mu sporo czasu, ale wpływało na owocność studiów, gdyż brak było wówczas odpowiednich podręczników. Opracowane przez niego skrypty, odbijane później na powielaczu przez szereg lat służyły alumnom i studentom teologii w zdobywaniu wiedzy.

Duch kapłański i urobienie duchowe ks. Sopoćki ujawnione w posłudze ojca duchownego, dały się również poznać w jego pracy profesorskiej i wychowawczej. Świadectwem tego jest znamienna wypowiedź jego studenta i wychowanka: W pamięci mojej z okresu pobytu w Seminarium Duchownym w Wilnie ks. profesor Sopoćko pozostał jako staranny, dobry wykładowca i gorliwy kapłan, stale usiłujący nas, swoich uczniów umysłowo wzbogacić, a duchowo pobudzić do postępu w doskonałości. Faktycznie ks. Sopoćce zależało bardzo na przekazaniu właściwej wiedzy, odniesieniu jej do praktycznych zastosowań, ale jednocześnie też na udzieleniu wskazówek wychowawczych oraz duchowym ubogaceniu swych słuchaczy. Trafnie ilustrującą tę postawę ks. Sopoćki i dopełniającą jego charakterystykę jako profesora i wychowawcy jest dalsza część wypowiedzi wspomnianego już wychowanka: (...) uczył nie dla szkoły, ale dla życia. Naprawdę wkładał w to wszystkie swe siły, serce, umiejętności i doświadczenie. Robił to jak mógł i umiał - najlepiej. (...) czy wprost, czy ubocznie, mimochodem, zawsze lądował na zachęcie do świętości, a z obfitości serca usta mówią. Zachęcając kandydatów do kapłaństwa, do wysiłku o ich osobistą świętość, popierał to przekonywującymi przykładami z życia czy swego kapłańskiego doświadczenia, a także sam modlił się o ich świętość.

Wyczulenie ks. Sopoćki na sprawy wychowawcze, życiową praktykę, łączone było z rzetelnym przekazem wiedzy, którą zdobywał przez osobiste studium i pracę naukową. W tej dziedzinie ujawniała się także jego wielka pracowitość. Owocem jej były osiągnięte stopnie naukowe i liczne publikacje. W prowadzeniu zajęć dydaktycznych był bardzo staranny i gorliwy. Jego wykłady były rzeczowe, jasne w ujęciu myśli, ukierunkowane na konkretne cele praktyczne i życiowe, a przez to cenione przez słuchaczy. Ogólnie uważano go za wymagającego profesora, ale sprawiedliwego, co ujawniało się zwłaszcza na egzaminach.

Zatroskanie ks. Sopoćki o duchowe urobienie swoich studentów, zwłaszcza kleryków Seminarium Duchownego sprawiało, że był on bardziej wychowawcą niż profesorem, a przede wszystkim ujawniało bogactwo jego życia duchowego. Poświadczają o tym byli alumni Seminarium Wileńskiego. W ich ocenie postawa ta była wynikiem autentycznego życia zgodnie z chrześcijańskimi cnotami. Od jego osoby promieniowała moc duchowa, która budziła szacunek i jednocześnie pociągała. W całej jego postawie, modlitwie, przekazie wiedzy ujawniała się jego wiara. Z kolei miłość do Boga zauważalna była w sprawowaniu Mszy św., modlitwie, głoszeniu Słowa Bożego, a także w całości jego kapłańskiej posługi. Dało się odczuć, że Bóg był mu nagrodą i szczęściem. Żadne zewnętrzne wartości go nie fascynowały, ani zajmowały. Natomiast miłość bliźniego przejawiała się u niego w życzliwości, szacunku, dostępności. Jako nauczyciel akademicki budził szacunek, ale nie dawało się odczuć, że odpycha od siebie, że jest zamknięty czy niedostępny.

Powyższe opinie o ks. Sopoćce, jako profesorze i wychowawcy, wyrażone przez jego studentów i wychowanków, pozwalają widzieć w nim człowieka rzeczywiście głęboko urobionego duchowo, z całą odpowiedzialnością podejmującego swe zadania kapłańskie, profesorskie i wychowawcze. Gorliwy w swej posłudze kapłańskiej wobec alumnów, sumienny w pracy dydaktycznej i zatroskany o osobowy i duchowy rozwój swych wychowanków, był prawdziwym ich nauczycielem, wychowawcą i duchowym ojcem.