Ojcem duchownym w Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Wilnie mianowany został ks. Sopoćko dekretem arcybiskupa Romualda Jałbrzykowskiego w dniu 8 sierpnia 1927 roku. Nominacja ta była dla niego dużym zaskoczeniem. Pełnił bowiem w tym czasie odpowiedzialną funkcję w duszpasterstwie wojskowym, która wystarczająco go absorbowała, jeśli by nawet pominąć sprawę odbudowy kościoła św. Ignacego. Zaangażowany w posłudze w wojsku nie spodziewał się, że przydzielone może mu być kolejne nowe zadanie, będące samo z siebie odrębną funkcją. Nic więc dziwnego, że wyznaczenie go do pracy w seminarium zrodziło w nim wewnętrzną rozterkę. Świadom był wielkiej odpowiedzialności, jaka ciąży na ojcu duchownym, i na dodatek nie był do tej funkcji formalnie przygotowany. Jego skromność i wyczucie co do wyjątkowej rangi posługi ojca duchownego w formacji przyszłych kapłanów sprawiły, że uznał siebie za niegodnego tego zadania. Te swe odczucia wyraził wobec ordynariusza, odmawiając pokornie przyjęcia proponowanego mu stanowiska. Arcybiskup Jałbrzykowski utrzymał jednakże swą decyzję.

Posługa ojca duchownego, którą ks. Sopoćko przyjął bardziej w duchu posłuszeństwa Ordynariuszowi, niż z osobistego przekonania, niebawem zaczęła odpowiadać jego zainteresowaniom i wewnętrznym potrzebom. Bardzo pomocne w jej pełnieniu okazało się jego pedagogiczne przygotowanie. Gdy zaś chodzi o wiedzę z zakresu życia duchowego i kierownictwa duchowego, zaczął on ją poszerzać poprzez indywidualne studium, odpowiednie lektury oraz samą praktykę, w którą wszedł z całym zaangażowaniem. Podjęte starania o jak najlepsze wypełnianie swego nowego obowiązku, szczere oddanie się pracy z alumnami, przyniosło mu wewnętrzne odczucia zadowolenia i satysfakcji, a przede wszystkim owoce duchowe u wychowanków. Ustały uprzednie obawy, posługa zaczęła mu się podobać, gdyż jak się okazało, odpowiadała jego uzdolnieniom i skłonnościom. Pełniąc ją z zamiłowaniem, doznawał zaufania ze strony podopiecznych, dzięki czemu też wywierał pozytywny wpływ na ich duchowy rozwój.

Jakkolwiek coraz bardziej odnajdywał siebie w roli ojca duchownego, nie był jednakże uchroniony od pewnych trudności, najczęściej niezależnych od niego, które komplikowały jego posługę czy przysparzały wewnętrznych trosk. Ogólnie nie była to łatwa praca. Między innymi z powodu pewnego obciążenia wymaganą w niej dyskrecją, ograniczającą możliwość, poradzenia się innych czy też wyjaśnienia przyjętego stanowiska. W efekcie nieuniknione były nieraz różnice zdań z innymi przełożonymi, którzy nie mając podobnego wglądu we wnętrze alumnów, inaczej podchodzili do spraw wychowawczych. W Seminarium ponadto następowały w tym czasie częste zmiany przełożonych, wskutek czego musiał niejednokrotnie zastępczo podejmować niektóre obowiązki tychże. Między innymi wychodzić na spacery z alumnami, towarzyszyć im przy obiedzie, występując w roli nadzorującego przełożonego, co wyraźnie kolidowało z jego funkcją ojca duchownego. Sytuacje te, przy świadomości wielkiej odpowiedzialności przed Bogiem, Kościołem i społeczeństwem, za właściwe przygotowanie alumnów do kapłaństwa, rodziły w nim wewnętrzne rozterki, a nawet smutek i zniechęcenie. Pomimo to zatroskany o jak najlepszą formację przyszłych księży był szczerze oddany tej niełatwej posłudze. Przez dwa lata zmuszony był łączyć ją z pracą w wojsku, zanim w 1929 roku otrzymał trzyletni urlop wojskowy. Od lutego 1928 roku, zlecono mu ponadto wykłady z historii filozofii, na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Stefana Batorego, a od października tegoż roku zatrudniono go w charakterze zastępcy profesora w katedrze teologii pastoralnej na tymże Wydziale.

Pełniąc funkcję ojca duchownego, ks. Sopoćko czynnie włączył się w życie Seminarium, animując niejednokrotnie różne akcje wśród alumnów. Był moderatorem Sodalicji Mariańskiej, Koła Eucharystycznego, Trzeciego Zakonu św. Franciszka, Koła Kleryków Związku Misyjnego Kleru i jako wykładowca homiletyki prowadził Koło Homiletyczne. Będąc uwrażliwiony i czynnie zaangażowany od początku swej pracy kapłańskiej w działalność na rzecz trzeźwości do idei tej pragnął zapalić także alumnów Seminarium, przyszłych duszpasterzy. W dobrowolnie przyjętej abstynencji postrzegał drogę do przeciwdziałania zagrożeniom alkoholizmu. W celu kształtowania postaw abstynenckich wśród alumnów i wdrażania ich w akcję trzeźwości założył w roku akademickim 1927/28 Koło Alumnów Abstynentów w Seminarium. Z kolei uczestnicząc w życiu rekreacyjnym młodzieży seminaryjnej, po części z obowiązku - powierzano mu towarzyszenie alumnom w obowiązkowych spacerach w okolice Wilna - a w dużej mierze ze względów pedagogicznych, stał się inicjatorem zorganizowanych form czynnej rekreacji. Dostrzegając potrzebę dbania o zdrowie fizyczne, wpływające też na samopoczucie psychiczne i duchowe, propagował wśród alumnów głównie gimnastykę oraz zabawy sportowe. Osobiście nie zaniedbywał gimnastyki w swym życiu, doświadczał jej pozytywnego wpływu na zdrowie, a nawet miał do niej swoiste zamiłowanie, dlatego zależało mu na wdrożeniu w tę praktykę także swych podopiecznych.

Funkcję ojca duchownego pełnił ks. Sopoćko przez pięć lat. Pozostałby przy niej zapewne dłużej, gdyż - jak sam zaznaczył we "Wspomnieniach" - ukochał ten obowiązek, a także dostrzegał pozytywny wpływ na alumnów, których kochał z wzajemnością z ich strony. Zaistniałe jednakże, wskazane wyżej trudności zewnętrzne, do których doszły przynaglenia ze strony Wydziału Teologicznego, przeprowadzenia jak najszybciej habilitacji oraz większego zaangażowania się w pracę naukową, zmusiły go do przedstawienia Ordynariuszowi prośby o zwolnienie z funkcji ojca duchownego. Nie mógł kontynuować jej dłużej, gdyż nie pozwalała mu na to realna ocena sytuacji. Z jednej strony niemożliwości właściwego wypełniania kilku funkcji równocześnie, oraz jeszcze bardziej poczucie odpowiedzialności za formację duchową alumnów, która musiała w tym układzie ponosić uszczerbek.

Ksiądz Sopoćko bardzo wysoko cenił funkcję ojca duchownego w Seminarium i stąd - jak było już po części wyżej ukazane - jeszcze bardziej odpowiedzialnie do niej się odnosił. O ojcu duchownym, wymaganych od niego przymiotach oraz postawie tak pisał: Ojciec duchowny winien być dobrym kapłanem, mężem wypróbowanej cnoty i uczciwości, poważnym, roztropnym i ozdobionym wszelakiego rodzaju cnotami, - człowiekiem, który by był zdolny przez swój przykład zachęcić alumnów do pobożności i cnoty oraz słowem i przykładem przewodniczyć im pod każdym względem. Przede wszystkim ma odznaczać się miłością, by ukochać swych wychowanków w Bogu, darzyć ich szacunkiem i zaufaniem, a w ten sposób zjednać ich zaufanie ku sobie, bez którego oddziaływanie wychowawcze jest prawie niemożliwe. Miłość serdeczna alumnów jest najlepszym środkiem wychowawczym. ("Wspomnienia", rozdz. V, s. 61) Mocne zaakcentowanie znaczenia postawy miłości wychowanków, szacunku i zaufania im, sugeruje, że ks. Sopoćko najbardziej o nią zabiegał. I faktycznie udało mu się to osiągnąć. W Dzienniku bowiem zapisał: Widziałem wpływ na alumnów i kochałem ich oraz czułem ich pod tym względem wzajemność.("Dziennik", z.2, s. 37)

Dobro wychowanków, ich duchowy rozwój były pierwszą troską ks. Sopoćki. Dlatego zależało mu bardzo na wzbudzeniu i zachowaniu zaufania u nich, niezbędnego w indywidualnym ich prowadzeniu. W tej służbie wobec podopiecznych wielką rolę przypisywał też pokorze. Ona to - jak zapisał we "Wspomnieniach" - przebija niebiosa i ściągnie na ojca duchownego światło i łaski Boże, których mu tak bardzo potrzeba. Pokora uczyni go kochanym przez przełożonych i alumnów, utworzy z niego męża o spiżowych zasadach.("Wspomnienia", rozdz. V, s. 61)

Nakreślona powyżej, w oparciu o sugestie samego ks. Sopoćki, sylwetka ojca duchownego, z częściowym już potwierdzeniem odwzorowywania jej w jego osobistym życiu, dopełnia się wyraźnie w relacjach o nim jego duchowych synów, byłych alumnów Seminarium Wileńskiego. Przekazy ich faktycznie potwierdzają, że wymagania ks. Sopoćki stawiane ojcu duchownemu, realizowane były w jego życiu i posłudze.

Wspominano o nim, że był uosobieniem prawdziwego ojca duchownego. Jako kapłan postawą swą wybiegał ponad przeciętność. Wyróżniał się wśród innych profesorów głębszym życiem wewnętrznym. Był człowiekiem o głębokiej wierze, która ujawniała się w entuzjazmie i zaangażowaniu, gdy pouczał o prawdach wiary, wygłaszał konferencje ascetyczne, a także w sposobie sprawowania Mszy św. i modlitwie, które przeżywał w głębokim skupieniu i zupełnym oderwaniu się od otoczenia. Gdy zaś chodzi o cnotę miłości do Boga, wychowankowie postrzegali ją u swego ojca duchownego w jego całkowitym oddaniu służbie Bogu w kapłaństwie, potwierdzanym mężnym znoszeniem wszelkich trudów i pokonywaniem przeszkód na tej drodze. Miłość do Boga łączyła się u niego z miłością do bliźniego. W stosunku do wychowanków wyrażała się się w jego życzliwości i dobroci im okazywanej, a także w zatroskaniu, zwłaszcza o tych, którzy pozostawali w jakiejś trudności czy kłopocie. Potrafił cierpliwie i ze zrozumieniem wysłuchać, z wrażliwością i delikatnością udzielić porady. Przez takie zachowanie pozwalał odczuć, że nie traktuje alumna jako petenta, ale jako bliźniego, którego miłuje tak, jak nakazywał Chrystus. W posłudze pełnej gorliwości i zapału pomimo spotykanych trudności oraz w postawie pełnej duchowej radości oraz pozytywnym ustawieniu ku przyszłości, wychowankowie postrzegali u swego duchowego opiekuna także życie cnotą nadziei.

Posługa ojca duchownego, jak nietrudno zauważyć, była okresem szczególniejszego zaangażowania ks. Sopoćki w sprawy życia duchowego, najpierw własnego, a następnie jego podopiecznych. Owocem zaś tychże zbawiennych trudów w pracy nad sobą i innymi był jego autentyczny duchowy wzrost, czyli kolejny krok do świętości.