Michał Sopoćko progi Seminarium Duchownego w Wilnie przekroczył w sierpniu 1910 roku. Rozpoczynając naukę, nie mógł oczekiwać ze strony rodziny na jakiekolwiek wsparcie materialne, co najwyżej liczyć jedynie na ewentualną życzliwość obcych. Jadwiga Waltz sprawiła mu sutannę, a Józef Zmitrowicz wstawił się u rektora seminarium, dzięki czemu został zwolniony z obowiązującej alumnów opłaty, a nawet uzyskał prawo otrzymywania zapomogi. Niedostatek dokuczał Michałowi przez cały niemal pobyt w seminarium. Na dodatek niedomagał on też na zdrowiu.

Był młodzieńcem uzdolnionym, wytrwale zabiegającym o zdobywanie wiedzy. Nauka nie sprawiała mu kłopotu. Niestety nie zachowały się żadne dokumenty z okresu studiów Michała w seminarium, które dałyby konkretny obraz jego osiągnięć na polu zdobywania wiedzy filozoficznej i teologicznej.

Michał zastał w seminarium kilku wybitnych kapłanów, których postawy i zaangażowanie były godne naśladowania. Byli to: ks. J. Uszyłło - rektor. ks. K. Lubianiec - inspektor. ks. St. Zawadzki - ojciec duchowny, ks. J. Kurczewski, ks. L. Żebrowski, ks. St. Miłkowski. Wśród nich wyróżniał się najbardziej ks. K. Lubianiec. Miał u alumnów opinię gorliwego i kochającego ich przełożonego. Prowadził ascetyczny tryb życia. Był zawsze zrównoważony i opanowany, nigdy nie pokazywał złego humoru. Do wykładów był zawsze dobrze przygotowany, wymagał dużo, ale był wyrozumiały wobec alumnów. Udzielał się społecznie prowadząc ochronkę dla dzieci i zajmował się budową dwóch kościołów. Jego postawa oraz innych wychowawców i profesorów wywarły niewątpliwie wpływ na całą formację Michała. Podsumowując okres swego pobytu w seminarium zapisał: Czas tu spędzony zaliczam do najbardziej owocnych. (Dziennik, z. 2, s. 14)

Na początku drugiego roku studiów zmarła matka Michała. Śmierć jej przeżył on bardzo boleśnie. W czasie pogrzebu przeziębił się i zapadł na długą przewlekłą chorobę, nawracającą się niemalże przez cały rok akademicki. Mimo to niczego nie zaniedbał, ani w swej formacji duchowej, ani też w intelektualnej. W Wielkim Poście przyjął tonsurę, a po Wielkanocy cztery niższe święcenia. W normalnym terminie przystąpił do rocznych egzaminów. Tymczasem zaskoczyła go niespodziewana decyzja przełożonych, którzy zdecydowali dopuścić go do święceń subdiakonatu i diakonatu o rok wcześniej, niż było to praktykowane. Decyzja ta była podyktowana obawą, że Michał może być wcielony do wojska, gdyż władze carskie odmówiły mu przedłużenia odroczenia służby wojskowej. W odpowiedzi na jego osobiste obawy co do wystarczającego przygotowania, rektor seminarium po sprawdzeniu jego wiedzy stwierdził , iż może on ze spokojem przyjąć święcenia. Także jego spowiednik nie tylko pozwolił, ale nawet niemalże nakazał przystąpienie do święceń. Jeszcze w trakcie trwania sesji egzaminacyjnej Michał został dołączony do starszych kolegów odprawiających rekolekcje. Po ich zakończeniu, z racji że diecezja wileńska nie miała podówczas swego biskupa, udał się wraz z kolegami w uroczystość Zielonych Świąt do Kowna, gdzie nazajutrz tamtejszy biskup Kasper Felicjan Cyrtowt wyświęcił go na subdiakona. W kilka tygodni później przyjął święcenia diakonatu z rąk biskupa kieleckiego Augustyna Łosińskiego. Po latach tak wspominał swoje przeżycia z tamtych dni: W czasie egzaminów na wiosnę 1912 roku, wieczorem, ks. Rektor wezwał mnie i oświadczył, że muszę przyłączyć się do odprawiających rekolekcje kapłanów i przyjąć święcenia diakonatu. Było to dla mnie wielkie zaskoczenie, bo nie spodziewałem się tego. Udałem się na rekolekcje. W odmawianiu brewiarza wcale się nie orientowałem. Byłem zdecydowany do święceń nie przystępować. Ale spowiednik ks. Michnowicz nie tylko mi pozwolił, ale poniekąd nakazał. Po spowiedzi ukląkłem przed Sanctissimum i jak gdybym usłyszał głos wewnętrzny: “Nie idź”. Odtąd walczyłem ze sobą. Było to na uroczystość Zielonych Świąt. Po obiedzie wybraliśmy się do Kowna, bo w Wilnie nie było biskupa. Nocowaliśmy w hotelu. Rano ks. Lubianiec odprawił nam rozmyślanie “Et tu puer Altissimi”. Przed święceniami ujrzałem Zbawiciela ubiczowanego, który patrzał na mnie i powiedział: “Kto chce iść za Mną, niech się zaprze samego siebie, weźmie krzyż swój i idzie za mną.” To mi wlało trochę otuchy i ze drżeniem stanąłem w szeregu, przystępujących do święceń... (Ks. M. Sopoćko. Formacja kapłańska w Seminarium Duchownym)

Ostatnie dwa lata pobytu w seminarium przeżył Michał już jako diakon. Po pomyślnym zakończeniu czwartego roku studiów, w dniu 15 czerwca 1914 roku został wyświęcony na kapłana przez biskupa Franciszka Karewicza. Mszę św. prymicyjną odprawił w dniu 29 czerwca w kościele parafialnym w Lebiedziewie, gdzie jako zarządca majątku przebywał jego ojciec.

O przeżyciach Michała, towarzyszących temu tak ważnemu w jego życiu wydarzeniu, jakim były święcenia kapłańskie, niestety nie ma żadnych wzmianek. Można jedynie, sięgając do wcześniejszych opisów o święceniach subdiakonatu i diakonatu, przypuszczać, że kapłaństwo przyjął on z równie wielkim uszanowaniem dla tego sakramentu oraz świadomością wyjątkowości i godności tej posługi. Jego zaś przygotowanie do święceń, rozciągające się na całe niemalże wcześniejsze życie - od dzieciństwa pragnął zostać kapłanem - zintensyfikowane w okresie pobytu w seminarium, osiągnęło zapewne w momencie przyjmowania ich swój punkt kulminacyjny, co najprawdopodobniej zaowocowało też głębokimi przeżyciami wewnętrznymi, chociaż o nich wprost nie wspominał. Zaś zakończenie I rozdziału Wspomnień zatytułowanego: Jak zostałem kapłanem, wyraźnie sugeruje, że całą drogę do kapłaństwa, osoby, które na niej spotkał i samo kapłaństwo, które stało się jego udziałem, odczytał jako wielki dar i łaskę daną mu przez Boga. Zapisał bowiem: Sięgając tedy wstecz aż do lat dziecinnych, widzę jedno pasmo objawów nieskończonego Miłosierdzia Bożego, które pozwoliło mi urodzić się z bogobojnych rodziców chrześcijańskich, którzy odmawiając sobie rzeczy koniecznych troszczyli się mimo wielkich trudności o moje wychowanie, pobudzając w podświadomości zamiłowanie do kultu. To miłosierna Opatrzność stawiała na drodze mojej idealnych kapłanów będących po dziś dzień dla mnie niedościgłym wzorem, a przede wszystkim sprawiła, iż poznałem Józefa Zmitrowicza i Jadwigę Waltz, którzy w najkrytyczniejszym momencie podali mi rękę i ułatwili najbliższe przygotowanie i wstąpienie do Seminarium Duchownego, gdzie również znalazłem wzorowych Wychowawców i Profesorów. Za to Misericordiam Dei in aeternum cantabo.